In de returnwedstrijd domineert FC Twente. De beste kans is voor Daouda Weidmann als hij de lat raakt. De thuisclub speelt op de counter en komt een kwartier na rust op voorsprong. FC Twente vecht zich terug en scoort in de extra tijd de 1-2 waardoor een verlenging volgt. 
Hierin maakt de thuisclub een uitgebluste indruk. FC Twente scoort nog twee keer en plaatst zich voor de groepsfase van de Conference League.

De Qarabaghspelers Langa, Lobato, Várkonyi en Mouaddib ontvangen een gele kaart.
Jankovic krijgt in minuut 106 zijn tweede gele kaart en kan vertrekken.